En separation inträffar då samboförhållandet avslutas då en av samborna eller båda vill det eller då förhållandet upphör på grund av dödsfall. Vill en av de tidigare samborna att hälftendelning ska ske av bohag och bohag så begärs bodelning. Genom samboavtal har samborna avtalat bort den rätten, d v s vid en separation så behåller vardera part det vardera parten äger.

För det fall bostad köps och samborna äger lika mycket var (många väljer detta då det känns rätt känslomässigt och vid renoveringar m m så är det lättare att dela på kostnaden än ha diskussioner om hur kostnaden bör fördelas med beaktande av ägda andelar) men betalar olika mycket, t ex kanske den ena sambon står för hela eller större del av kontantinsatsen kompletterar man samboavtalet med ett skuldebrev så att vardera sambo betalt det man äger, d v s hälften var av köpet. Ett exempel: En bostad köps för 3 000 000 kr, ett gemensamt banklån tas om 2 000 000 kr och den ena sambon betalar 800 000 kr av kontantinsatsen och den andra betalar resterande 200 000 kr. Hade samborna velat så skulle de tillsätt att köpeavtalet angav andelar utifrån betalning, d v s den sambo som betalade mest av köpeskillingen skulle äga: (2 000 000 kr/2) + 800 000 kr/3 000 000 kr= 80 % och den andra sambon 20 %. Istället så valde samborna att de ska äga bostaden hälften var och betala hälften var. Eftersom hälften av köpeskillingen är 1 500 000 kr så blir den sambo som endast betalt 200 000 kr av kontantinsatsen skyldig den andra sambon resterande summa av halva kontantinsatsen, d v s 300 000 kr (lånet är redan hälften var så det är bara kontantinsatsen om 1 000 000 kr som ska delas lika, d v s 500 000 kr var och eftersom 200 000 kr är betalt, återstår det en summa om 300 000 kr). Efter att ett skuldebrev om 300 000 kr är undertecknat och överlämnat till den andra sambon har samborna betalt lika mycket för bostaden.
Sambon som betalde mest har betalt med hälften av det gemensamma bostadslånet och hälften av kontantinsatsen om 1 000 000 kr (800 000 kr – 300 000 (fordran enligt skuldebrevet), d v s 500 000 kr av kontantinsatsen). Totalt 1 500 000 kr vilket utgör hälften av köpesumman.
Sambon som betalade minst har betalt med hälften av det gemensamma bostadslånet och hälften av kontantinsatsen om 1 000 000 kr (200 000 kr + 300 000 (skuld enligt skuldebrevet), d v s 500 000 kr av kontantinsatsen). Totalt 1 500 000 kr vilket utgör hälften av köpesumman.

Att betänka är att avkastningen på en fordran enligt ett skuldebrev är den räntesats som däri anges. Äger samborna olika andelar av bostaden blir avkastningen, positiv eller negativ sådan, relaterad till ägd andel. Vilken räntesats som välj är givetvis upp till var och en. Många väljer en räntesats som motsvarar ungefär inflationen eller bolåneräntan. Andra bryr sig inte om detta utan väljer 0 % ränta medan andra slutligen vill ha en ränta som motsvarar alternativ avkastning t e x om 5 % på ett tänkt scenario med aktiesparande